Для определения рода слова “капитан” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “капитан” . Тогда в зависимости от окончания в слове “капитан” можно определить род.
Слово “капитан” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “капитан” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “капитан” находится по ссылке