Для определения рода слова “настоятель” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “настоятель” . Тогда в зависимости от окончания в слове “настоятель” можно определить род.
Слово “настоятель” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “настоятель” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “настоятель” находится по ссылке