Для определения рода слова “скважина” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “скважина” . Тогда в зависимости от окончания в слове “скважина” можно определить род.
Слово “скважина” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “скважина” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “скважина” находится по ссылке