Для определения рода слова “индиго” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “индиго” . Тогда в зависимости от окончания в слове “индиго” можно определить род.
Слово “индиго” употребляется в среднем роде (Потому как в начальной форме слова “индиго” окончание [е], [о]).Полный морфологический разбор Cуществительного “индиго” находится по ссылке