Для определения рода слова “ягодка” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “ягодка” . Тогда в зависимости от окончания в слове “ягодка” можно определить род.
Слово “ягодка” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “ягодка” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “ягодка” находится по ссылке