Для определения рода слова “акватория” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “акватория” . Тогда в зависимости от окончания в слове “акватория” можно определить род.
Слово “акватория” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “акватория” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “акватория” находится по ссылке