Для определения рода слова “ватрушка” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “ватрушка” . Тогда в зависимости от окончания в слове “ватрушка” можно определить род.
Слово “ватрушка” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “ватрушка” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “ватрушка” находится по ссылке