Для определения рода слова “водород” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “водород” . Тогда в зависимости от окончания в слове “водород” можно определить род.
Слово “водород” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “водород” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “водород” находится по ссылке