Для определения рода слова “водоём” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “водоём” . Тогда в зависимости от окончания в слове “водоём” можно определить род.
Слово “водоём” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “водоём” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “водоём” находится по ссылке