Для определения рода слова “гипоталамус” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “гипоталамус” . Тогда в зависимости от окончания в слове “гипоталамус” можно определить род.
Слово “гипоталамус” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “гипоталамус” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “гипоталамус” находится по ссылке