Для определения рода слова “градоначальник” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “градоначальник” . Тогда в зависимости от окончания в слове “градоначальник” можно определить род.
Слово “градоначальник” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “градоначальник” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “градоначальник” находится по ссылке