Для определения рода слова “йот” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “йот” . Тогда в зависимости от окончания в слове “йот” можно определить род.
Слово “йот” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “йот” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “йот” находится по ссылке