Для определения рода слова “каноэ” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “каноэ” . Тогда в зависимости от окончания в слове “каноэ” можно определить род.
Слово “каноэ” употребляется в среднем роде (Потому как в начальной форме слова “каноэ” окончание [е], [о]).Полный морфологический разбор Cуществительного “каноэ” находится по ссылке