Для определения рода слова “клубень” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “клубень” . Тогда в зависимости от окончания в слове “клубень” можно определить род.
Слово “клубень” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “клубень” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “клубень” находится по ссылке