Для определения рода слова “магадан” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “Магадан” . Тогда в зависимости от окончания в слове “Магадан” можно определить род.
Слово “магадан” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “Магадан” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “магадан” находится по ссылке