Для определения рода слова “малярия” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “малярия” . Тогда в зависимости от окончания в слове “малярия” можно определить род.
Слово “малярия” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “малярия” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “малярия” находится по ссылке