Для определения рода слова “марганец” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “марганец” . Тогда в зависимости от окончания в слове “марганец” можно определить род.
Слово “марганец” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “марганец” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “марганец” находится по ссылке