Для определения рода слова “навигация” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “навигация” . Тогда в зависимости от окончания в слове “навигация” можно определить род.
Слово “навигация” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “навигация” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “навигация” находится по ссылке