Для определения рода слова “напильник” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “напильник” . Тогда в зависимости от окончания в слове “напильник” можно определить род.
Слово “напильник” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “напильник” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “напильник” находится по ссылке