Для определения рода слова “недостача” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “недостача” . Тогда в зависимости от окончания в слове “недостача” можно определить род.
Слово “недостача” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “недостача” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “недостача” находится по ссылке