Для определения рода слова “пилюля” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пилюля” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пилюля” можно определить род.
Слово “пилюля” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “пилюля” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пилюля” находится по ссылке