Для определения рода слова “прототип” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “прототип” . Тогда в зависимости от окончания в слове “прототип” можно определить род.
Слово “прототип” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “прототип” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “прототип” находится по ссылке