Для определения рода слова “пунктир” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пунктир” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пунктир” можно определить род.
Слово “пунктир” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “пунктир” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пунктир” находится по ссылке