Для определения рода слова “софия” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “софия” . Тогда в зависимости от окончания в слове “софия” можно определить род.
Слово “софия” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “софия” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “софия” находится по ссылке