Для определения рода слова “столица” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “столица” . Тогда в зависимости от окончания в слове “столица” можно определить род.
Слово “столица” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “столица” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “столица” находится по ссылке