Для определения рода слова “штабс-капитан” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “штабс-капитан” . Тогда в зависимости от окончания в слове “штабс-капитан” можно определить род.
Слово “штабс-капитан” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “штабс-капитан” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “штабс-капитан” находится по ссылке