Для определения рода слова “автовокзал” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “автовокзал” . Тогда в зависимости от окончания в слове “автовокзал” можно определить род.
Слово “автовокзал” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “автовокзал” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “автовокзал” находится по ссылке