Для определения рода слова “агат” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “агат” . Тогда в зависимости от окончания в слове “агат” можно определить род.
Слово “агат” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “агат” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “агат” находится по ссылке