Для определения рода слова “амбулатория” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “амбулатория” . Тогда в зависимости от окончания в слове “амбулатория” можно определить род.
Слово “амбулатория” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “амбулатория” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “амбулатория” находится по ссылке