Для определения рода слова “атеист” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “атеист” . Тогда в зависимости от окончания в слове “атеист” можно определить род.
Слово “атеист” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “атеист” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “атеист” находится по ссылке