Для определения рода слова “атом” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “атом” . Тогда в зависимости от окончания в слове “атом” можно определить род.
Слово “атом” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “атом” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “атом” находится по ссылке