Для определения рода слова “афера” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “афера” . Тогда в зависимости от окончания в слове “афера” можно определить род.
Слово “афера” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “афера” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “афера” находится по ссылке