Для определения рода слова “вагон” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “вагон” . Тогда в зависимости от окончания в слове “вагон” можно определить род.
Слово “вагон” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “вагон” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “вагон” находится по ссылке