Для определения рода слова “вагон-цистерна” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “вагон-цистерна” . Тогда в зависимости от окончания в слове “вагон-цистерна” можно определить род.
Слово “вагон-цистерна” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “вагон-цистерна” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “вагон-цистерна” находится по ссылке