Для определения рода слова “ватерлиния” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “ватерлиния” . Тогда в зависимости от окончания в слове “ватерлиния” можно определить род.
Слово “ватерлиния” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “ватерлиния” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “ватерлиния” находится по ссылке