Для определения рода слова “военачальник” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “военачальник” . Тогда в зависимости от окончания в слове “военачальник” можно определить род.
Слово “военачальник” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “военачальник” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “военачальник” находится по ссылке