Для определения рода слова “гипотеза” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “гипотеза” . Тогда в зависимости от окончания в слове “гипотеза” можно определить род.
Слово “гипотеза” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “гипотеза” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “гипотеза” находится по ссылке