Для определения рода слова “джонка” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “джонка” . Тогда в зависимости от окончания в слове “джонка” можно определить род.
Слово “джонка” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “джонка” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “джонка” находится по ссылке