Для определения рода слова “дыра” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “дыра” . Тогда в зависимости от окончания в слове “дыра” можно определить род.
Слово “дыра” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “дыра” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “дыра” находится по ссылке