Для определения рода слова “судно-музей” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “судно-музей” . Тогда в зависимости от окончания в слове “судно-музей” можно определить род.
Слово “судно-музей” употребляется в среднем роде (Потому как в начальной форме слова “судно-музей” окончание [е], [о]).Полный морфологический разбор Cуществительного “судно-музей” находится по ссылке