Для определения рода слова “единоначалие” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “единоначалие” . Тогда в зависимости от окончания в слове “единоначалие” можно определить род.
Слово “единоначалие” употребляется в среднем роде (Потому как в начальной форме слова “единоначалие” окончание [е], [о]).Полный морфологический разбор Cуществительного “единоначалие” находится по ссылке