Для определения рода слова “запятая” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “запятая” . Тогда в зависимости от окончания в слове “запятая” можно определить род.
Слово “запятая” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “запятая” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “запятая” находится по ссылке