Для определения рода слова “зачаток” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “зачаток” . Тогда в зависимости от окончания в слове “зачаток” можно определить род.
Слово “зачаток” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “зачаток” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “зачаток” находится по ссылке