Для определения рода слова “клеть” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “клеть” . Тогда в зависимости от окончания в слове “клеть” можно определить род.
Слово “клеть” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “клеть” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “клеть” находится по ссылке