Для определения рода слова “ковчег” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “ковчег” . Тогда в зависимости от окончания в слове “ковчег” можно определить род.
Слово “ковчег” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “ковчег” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “ковчег” находится по ссылке