Для определения рода слова “командующий” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “командующий” . Тогда в зависимости от окончания в слове “командующий” можно определить род.
Слово “командующий” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “командующий” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “командующий” находится по ссылке