Для определения рода слова “косточка” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “косточка” . Тогда в зависимости от окончания в слове “косточка” можно определить род.
Слово “косточка” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “косточка” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “косточка” находится по ссылке