Для определения рода слова “лигатура” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “лигатура” . Тогда в зависимости от окончания в слове “лигатура” можно определить род.
Слово “лигатура” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “лигатура” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “лигатура” находится по ссылке