Для определения рода слова “лилия” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “лилия” . Тогда в зависимости от окончания в слове “лилия” можно определить род.
Слово “лилия” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “лилия” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “лилия” находится по ссылке