Для определения рода слова “магистратура” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “магистратура” . Тогда в зависимости от окончания в слове “магистратура” можно определить род.
Слово “магистратура” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “магистратура” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “магистратура” находится по ссылке